Le fort a été d'abord « Fort V » ou « Fort Oberhausbergen », puis nommé par ordonnance impériale le 1er septembre 1873 en l'honneur du grand-duc de Bade Frédéric 1er (alors le gendre de l'empereur), puis fut renommé le 3 avril 1919 avec le nom du maréchal français Philippe Pétain, redevient de 1940 à 1944 la Feste Großherzog von Baden et enfin prend le nom du général français Aubert Frère à la fin de la Seconde Guerre mondiale.

Il s'agit d'un fort polygonal détaché à fossé sec, le premier construit à partir du modèle dessiné par Biehler. La structure est en maçonnerie, composée de pierres des carrières de Lutzelbourg (amenées sur le canal), le tout recouvert de terre. L'artillerie était à l'air libre, le personnel pouvant se réfugier dans des traverses-abris. La défense des fossés était confiée à trois caponnières.

Le fort a été modernisé à partir de 1887 : une couche d'un mètre de sable et une carapace de 1,2 m en béton sont rajoutées au-dessus des casernements, la caponnière de tête est remplacée par un coffre de contrescarpe, et deux observatoires cuirassés sont mis en place. En 1895, sont installées des portes blindées anti-souffle.

Pendant la Première Guerre mondiale, la place forte de Strasbourg est d'abord mise en état de se défendre, par le creusement de tranchées entre les forts et la pose de barbelés sur les glacis. Puis le fort sert de camp de prisonniers. De 1939 jusqu'au 17 juin 1940, le fort abrite le poste de commandement du sous-secteur de Strasbourg (une partie du secteur fortifié du Bas-Rhin de la ligne Maginot), confié au 172è RIF. De 1941 à 1944, le fort sert de nouveau de camp de prisonniers (pour des officiers yougoslaves). Le 23 novembre 1944, des combats ont lieu entre les derniers occupants allemands du fort (des membres du Volkssturm) et les troupes françaises qui attaquent Strasbourg par l'ouest et le nord-ouest : le fort est pris le lendemain.

Le fort est désormais propriété de l'Armée française, qui l'a confié à la section fortifications du Club sportif et artistique de la Garnison de Strasbourg (CSAGS). Le fort est ouvert lors de visites guidées depuis 2002.